O Igeprev foi alvo de relatórios da Secretaria de Políticas de Previdência Social, antigo Ministério da Previdência Social (MPS), ainda em 2012. Em 2013, o órgão aparece nas escutas do doleiro Fayed Traboulsi na Operação Miqueias da Polícia Federal. Um dos citados nas escutas é o presidente na época do instituto Rogério Villas Boas, que deixou cargo poucos dias depois da operação ter sido deflagrada. O Igeprev teria sido alvo de um esquema de fraude em fundos previdenciários, que teria agido em diversos estados e municípios.O MPS apontou diversas irregularidades em aplicações financeiras. “Existem indícios que alguns fundos de investimento tenham sido formatados prevendo ou se expondo a demasiados riscos futuros sem as devidas garantias”, diz trecho da auditoria. Nesse período havia 11 aplicações acima de 25% em fundos avaliados como de risco. Entre as aplicações detectadas pelo MPS como problemática estava a compra de ações do Banco BVA, em R$ 153.639.160,71. A auditoria do MPS apontou que R$ 4 milhões foram aplicados no dia em que o Banco Central liquidava o BVA.O Igeprev também aplicou R$ 13 milhões em um fundo que investiu em empresa do doleiro Alberto Youssef, que ficou conhecido pelo caso Banestado e Petrobras, e um dos primeiros delatores da Operação Lava Jato.